The Wind Waker sigue los pasos de The Legend of Zelda: Ocarina of Time, conservando el juego básico y el sistema de control de la Nintendo 64. Un fuerte énfasis se coloca sobre el uso y el control del viento con un bastón llamado Batuta de los Vientos, que ayuda al manejo de la dirección del aire. Los críticos disfrutaron de la similitud con Ocarina of Time, pero con frecuencia se quejaron de la gran cantidad de tiempo dedicado a la navegación. A pesar de esto, el juego ha alcanzado un éxito comercial y crítico, y es uno de los pocos juegos que han recibido una puntuación perfecta de la revista Famitsu.
Su secuela, The Legend of Zelda: Phantom Hourglass, fue lanzada en la Nintendo DS a finales de 2007. Aunque hubo muchos juegos en la serie lanzados antes de Phantom Hourglass, este juego se considera una secuela debido al hecho de que tiene lugar directamente Después de The Wind Waker y contiene gráficos similares. Un personaje inspirado en el Link de The Wind Waker y Phantom Hourglass estuvo presente en el videojuego de Wii Super Smash Bros. Brawl como personaje jugable. En este juego fue conocido como Toon Link.
Se ha hecho un remake de Wind Waker para Wii U, llamado The Legend of Zelda: The Wind Waker HD.
HD Remake
En 2013, un remake HD del juego fue hecho para el Wii U desarrollado principalmente por HexaDrive y Digitalscape con la supervisión de Nintendo EAD3. Fue anunciado por primera vez por Eiji Aonuma en el Nintendo Direct de enero de 2013 donde estaban experimentando con estilos de arte para la próxima entrega de la serie Zelda. Fue lanzado digitalmente junto con un paquete limitado de Wii U el 20 de septiembre para la Nintendo eShop de Wii U, pero una versión física no apareció en las tiendas hasta el 4 de octubre solo en Estados Unidos.
