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Pokédex 3D era una app gratis para Nintendo 3DS que estuvo disponible entre 2011 y 2012 para Nintendo 3DS. La aplicación era una Pokédex de Teselia, mostrando a los 153 Pokémon de Pokémon Negro y Blanco.

El 14 de julio de 2012, una versión mejorada de Pokédex 3D fue lanzada en Japón como Pokédex 3D Pro, incluyendo los hasta entonces 649 Pokémon y las nuevas formas de Kyurem y Keldeo en Pokémon Negro 2 y Blanco 2, lanzado 1 mes antes en Japón. Pokédex 3D fue eliminada de la Nintendo eShop japonesa el día 17 de junio de 2012, pero los jugadores que lo descargaron previamente pudieron mantenerla. Pokédex 3D Pro fue lanzada en Europa el 8 de noviembre de 2012, siendo la Pokédex 3D original eliminada el 1 de octubre de 2012.